Выявление генетических маркеров риска развития тромбогенных заболеваний методом минисеквенирования: набор реагентов “SNP2-TMG”

Обложка

Цитировать

Полный текст

Открытый доступ Открытый доступ
Доступ закрыт Доступ предоставлен
Доступ закрыт Только для подписчиков

Аннотация

Одной из причин возникновения сердечно-сосудистых заболеваний является воздействие генетических факторов тромбогенного риска. Нарушения в генах системы гемостаза и фолатного цикла могут приводить к развитию таких патологических состояний, как инфаркты, инсульты, тромбоэмболии, кровотечения, осложнения послеоперационного периода. Раннее выявление клинически значимых полиморфизмов в генах, обуславливающих предрасположенность к тромбогенным заболеваниям, позволяет осуществлять профилактику и диагностику заболевания еще до развития клинической картины, а также подбирать персонифицированную схему лечения и определять риск развития осложнений, связанных с применением лекарственных препаратов. В представленной работе разработан набор “SNP2-TMG”, предназначенный для выявления 10 генетических маркеров предрасположенности к тромбогенным заболеваниям (rs1801131, rs6025, rs11549465, rs429358, rs7412, rs1799963, rs6050, rs1799762, rs2010963, rs1801133) методом минисеквенирования с использованием технологии SNaPshot. Этот набор прошел клинические испытания и разрешен к использованию как изделие медицинского назначения.

Полный текст

Доступ закрыт

Об авторах

А. В. Грудо

Институт биоорганической химии Национальной академии наук Беларуси

Автор, ответственный за переписку.
Email: vasilevskaya.av@gmail.com
Белоруссия, Минск

И. В. Гайдукевич

Институт биоорганической химии Национальной академии наук Беларуси

Email: vasilevskaya.av@gmail.com
Белоруссия, Минск

Г. В. Сергеев

Институт биоорганической химии Национальной академии наук Беларуси

Email: vasilevskaya.av@gmail.com
Белоруссия, Минск

Список литературы

  1. Khera A.V., Chaffin M., Aragam K.G., Haas M.E., Roselli C., Choi S.H., Natarajan P., Lander E.S., Lubitz S.A., Ellinor P.T., Kathiresan S. (2018) Genome-wide polygenic scores for common diseases identify individuals with risk equivalent to monogenic mutations. Nat. Genet. 50(9), 1219–1224.
  2. Toms T.E., Smith J.P., Panoulas V.F., Blackmore H., Douglas K.M.J., Kitas G.D. (2012) Apolipoprotein E gene polymorphisms are strong predictors of inflammation and dyslipidemia in rheumatoid arthritis. J. Rheumatol. 39(2), 218–225.
  3. Моссэ И.Б., Гончар А.Л., Кундас Л.А., Седляр Н.Г., Булгак А.Г., Зотова О.В., Королева Т.С. (2021) Молекулярно-генетические факторы предрасположенности к развитию фибрилляции предсердий у представителей белорусской популяции. Кардиология в Беларуси. 13(4), 500–511.
  4. Chang M., Yesupriya A., Ned R.M., Mueller P.W., Dowling N.F. (2010) Genetic variants associated with fasting blood lipids in the U.S. population: Third National Health and Nutrition Examination Survey. BMC Med. Genet. 20, 11–62.
  5. Klarin D., Emdin C.A., Natarajan P., Conrad M.F., INVENT Consortium; Kathiresan S. (2017) Genetic analysis of venous thromboembolism in UK biobank identifies the ZFPM2 locus and implicates obesity as a causal risk factor. Circ. Cardiovasc. Genet. 10(2), e001643.
  6. Nagy G., Kovacs-Nagy R., Kereszturi E., Somogyi A, Szekely A., Nemeth N., Hosszufalusi N., Panczel P., Ronai Z., Sasvari-Szekely M. (2009) Association of hypoxia inducible factor-1 alpha gene polymorphism with both type 1 and type 2 diabetes in a Caucasian (Hungarian) sample. BMC Med. Genet. 10, 79.
  7. Kaiser R., Li Y., Chang M., Catanese J., Begovich A.B., Brown E.E., Edberg J.C., McGwin G.Jr., Alarcón G.S., Ramsey-Goldman R., Reveille J.D., Vilá L.M., Petri M.A., Kimberly R.P., Taylor K.E., Criswell L.A. (2012) Genetic risk factors for thrombosis in systemic lupus erythematosus. J. Rheumatol. 39(8), 1603–1610.
  8. Norambuena P.A., Copeland J.A., Krenková P., Stambergová A., Macek M.Jr. (2009) Diagnostic method validation: high resolution melting (HRM) of small amplicons genotyping for the most common variants in the MTHFR gene. Clin. Biochem. 42(12), 1308–1316.
  9. Li J.F., Lin Y., Yang Y.H., Gan H.L., Liang Y., Liu J., Yang S.Q., Zhang W.J., Cui N., Zhao L., Zhai Z.G., Wang J., Wang C. (2013) Fibrinogen Aα Thr312Ala polymorphism specifically contributes to chronic thromboembolic pulmonary hypertension by increasing fibrin resistance. PLoS One. 8(7), e69635.
  10. Su S., Chen S., Zhao J., Huang J., Wang X., Chen R., Gu D. (2006) Plasminogen activator inhibitor-1 gene: selection of tagging single nucleotide polymorphisms and association with coronary heart disease. Arterioscler. Thromb. Vasc. Biol. 26(4), 948–954.
  11. Prieto-Peña D., Remuzgo-Martínez S., Genre F., Ocejo-Vinyals J.G., Atienza-Mateo B., Muñoz-Jimenez A., Ortiz-Sanjuán F., Romero-Yuste S., Moriano C., Galíndez-Agirregoikoa E., Calvo I., Ortego-Centeno N., Álvarez-Rivas N., Miranda-Filloy J.A., Llorente I., Blanco R., Gualillo O., Martín J., Márquez A., Castañeda S., Ferraz-Amaro I., López-Mejías R., González-Gay M.A. (2022) Vascular endothelial growth factor haplotypes are associated with severe ischaemic complications in giant cell arteritis regardless of the disease phenotype. Clin. Exp. Rheumatol. 40(4), 727–733.
  12. Motawea M.M., Zaki M.E.S., Saif M., Osman A.O.B., Nada A.M. (1985) Study of single nucleotide polymorphism of vascular endothelium factor in patients with differentiated thyroid cancer. Clin. Diabetes Endocrinol. 8(1), 9.
  13. Myers R.M., Lumelsky N., Lerman L.S., Maniatis T. (1985) Detection of single base substitutions in total genomic DNA. Nature. 313(6002), 495–498.
  14. Hayashi K. (1991) PCR-SSCP: a simple and sensitive method for detection of mutations in the genomic DNA. PCR Methods Appl. 1(1), 34–38.
  15. Marsh S., King C.R., Garsa A.A., McLeod H.L. (2005) Pyrosequencing of сlinically relevant polymorphisms. Methods Mol. Biol. 311, 97–114.
  16. Sobrino B., Brión M., Carracedo A. (2005) SNPs in forensic genetics: a review on SNP typing methodologies. Forensic Sci. Int. 154(2–3), 181–194.
  17. Geppert M., Roewer L. (2012) SNaPshot(R) minisequencing analysis of multiple ancestry-informative Y-SNPs using capillary electrophoresis. Methods Mol. Biol. 830, 127–140.
  18. Fondevila M., Børsting C., Phillips C., de la Puente M., Euroforen-NoE Consortium, Carracedo A., Morling N., Lareu M.V. (2017) Forensic SNP genotyping with SNaPshot: technical considerations for the development and optimization of multiplexed SNP assays. Forensic Sci. Rev. 29(1), 57–76.
  19. Mehta B., Runa D., Phillips C., McNevin D. (2017) Forensically relevant SNaPshot assays for human DNA SNP analysis: a review. Int. J. Legal Med. 131(1), 21–37.
  20. Palencia-Madrid L., Vinueza-Espinosa D., Baeta M., Rocandio A.M., de Pancorbo M.M. (2020) Validation of a 52-mtSNP minisequencing panel for haplogroup classification of forensic DNA samples. Int. J. Legal Med. 134(3), 929–936.
  21. Tupikowska-Marzec M., Kolačkov K., Zdrojowy-Wełna A., Słoka N.K., Szepietowski J.C., Maj J. (2019) The influence of FTO polymorphism rs9939609 on obesity, some clinical features, and disturbance of carbohydrate metabolism in patients with psoriasis. Biomed. Res. Int. 13, 1–5.
  22. Wang J., Wang X., Ma Z., Yun K., Liu J., Chen D., Liu Z., Shi J., Li Z., Gao C., Du Q., Zhang G. (2018) A SNaPshot assay for detection of 45 mutations in the SCN5A gene in the Chinese Han population. Electrophoresis. 39(17), 2270–2276.
  23. Carano F., Sarno S., De Fanti S., Serventi P., Bini C., Luiselli D., Pelotti S. (2018) Genetic variability of CYP2D6, CYP2B6, CYP2C9 and CYP2C19 genes across the Italian Peninsula. Ann. Hum. Biol. 45(1), 66–71.
  24. Ferri G., Pelotti S. (2009) Multiplex ABO genotyping by minisequencing. Methods Mol. Biol. 496, 51–58.
  25. Alvarez-Iglesias V., Barros F., Carracedo A., Salas A. (2008) Minisequencing mitochondrial DNA pathogenic mutations. BMC Med. Genet. 10, 9–26.
  26. Bouakaze C., Keyser C., de Martino S.J., Sougakoff W., Veziris N., Dabernat H., Ludes B. (2010) Identification and genotyping of Mycobacterium tuberculosis complex species by use of a SNaPshot minisequencing-based assay. J. Clin. Microbiol. 48(5), 1758–1766.

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML
Скачать
2. Дополнительные материалы
Скачать (1MB)
Метаданные
3. Рис. 1. Электрофоретическое разделение продуктов амплификации отдельных маркеров и мультиплексной реакции Мультиплекса 1 набора “SNP2-TMG” в 10%-ном полиакриламидном геле. “–” – отрицательный контроль; 1 – rs7412 + rs429358; 2 – rs11549465; 3 – rs6025; 4 – rs1801131; 5 – мультиплексная реакция 1; Ст. – стандарт длин ДНК-фрагментов 100–1000 п.н. (№ SM0241, “Thermo Scientific”).

Скачать (89KB)
Метаданные
4. Рис. 2. Электрофоретическое разделение продуктов амплификации отдельных маркеров и мультиплексной реакции Мультиплекса 2 набора “SNP2-TMG” в 10%-ном полиакриламидном геле. “–” – отрицательный контроль; 1 – rs2010963; 2 – rs6050; 3 – rs1799963; 4 – rs1801133; 5 – rs1799762; 6 – мультиплексная реакция 2. Ст. – стандарт длин ДНК-фрагментов 100–1000 п.н. (№ SM0241, “Thermo Scientific”).

Скачать (130KB)
Метаданные
5. Рис. 3. Мультиплексная ПЦР 1 и 2 с различными исходными концентрациями (1–20 нг) ДНК человека в реакционной смеси. “–” – отрицательный контроль, Ст. – стандарт длин ДНК-фрагментов 100–1000 п.н. (№ SM0241, “Thermo Scientific”).

Скачать (114KB)
Метаданные
6. Рис. 4. Результат мультиплексного минисеквенирования произвольного образца ДНК с помощью Plex SSHOT1 (а) и Plex SSHOT2 (б). Цветными столбцами обозначены бины каждого возможного нуклеотида.

Скачать (323KB)
Метаданные

© Российская академия наук, 2025