Оценка разнообразия микробиома кишечника козы домашней Capra hircus

Обложка

Цитировать

Полный текст

Аннотация

Домашние козы Capra hircus остаются востребованными сельскохозяйственными животными, от здоровья которых зависит качество и количество получаемой продукции животноводства. Здоровье животных обеспечивается условиями содержания и питания, в том числе качеством усвоения пищи, в процессы которого существенный вклад вносят микроорганизмы, населяющие пути ЖКТ. Жвачные животные, в частности козы, – носители уникального сообщества бактерий, которое может меняться в зависимости от возраста и региона проживания. Основной проблемой на сегодня остается определение нормальных представителей микробиома кишечника коз и выявление тех участников консорциума, которые могут варьировать без признаков заболеваний. Исследование, основанное на имеющихся опубликованных данных, способствует решению этой проблемы.

Полный текст

Доступ закрыт

Об авторах

В. В. Володин

Институт молекулярной биологии им. В.А. Энгельгардта РАН

Email: natalyagladish@gmail.com
Россия, Москва

Н. С. Гладыш

Институт молекулярной биологии им. В.А. Энгельгардта РАН

Автор, ответственный за переписку.
Email: natalyagladish@gmail.com
Россия, Москва

А. К. Пискунов

Институт общей генетики им. Н.И. Вавилова РАН

Email: natalyagladish@gmail.com
Россия, Москва

Ю. А. Столповский

Институт общей генетики им. Н.И. Вавилова РАН

Email: natalyagladish@gmail.com
Россия, Москва

Ж. В. Самсонова

Московский государственный университет им. М.В. Ломоносова

Email: natalyagladish@gmail.com
Россия, Москва

Н. Ю. Саушкин

Московский государственный университет им. М.В. Ломоносова

Email: natalyagladish@gmail.com
Россия, Москва

А. А. Кудрявцев

Московский государственный университет технологий и управления им. К.Г. Разумовского (Первый казачий университет)

Email: natalyagladish@gmail.com
Россия, Москва

А. В. Кудрявцева

Институт молекулярной биологии им. В.А. Энгельгардта РАН

Email: natalyagladish@gmail.com
Россия, Москва

Список литературы

  1. Arjun S., Neha P., Mohith Sai S.R., Ravi L. Microbial symbionts in ruminants // Microbial symbionts: functions and molecular interactions on host. Ch. 27 / Ed. D. Dharumadurai. N.Y.: Acad. Press, 2023. P. 493–509.
  2. Arshad M.A., Hassan F., Rehman M.S. et al. Gut microbiome colonization and development in neonatal ruminants: strategies, prospects, and opportunities // Anim. Nutr. 2021. V. 7 (3). P. 883–895.
  3. Betancur-Murillo C.L., Aguilar-Marín S.B., Jovel J. Prevotella: a key player in ruminal metabolism // Microorganisms. 2023. V. 11 (1). 1.
  4. Chiantera V., Laganà A.S., Basciani S. et al. A critical perspective on the supplementation of Akkermansia muciniphila: benefits and harms // Life. 2023. V. 13 (6). 1247.
  5. Cholewińska P., Czyż K., Nowakowski P., Wyrostek A. The microbiome of the digestive system of ruminants – a review // Anim. Health Res. Rev. 2020. V. 21 (1). P. 3–14.
  6. Cholewińska P., Górniak W., Wojnarowski K. Impact of selected environmental factors on microbiome of the digestive tract of ruminants // BMC Vet. Res. 2021. V. 17 (1). 25.
  7. Doughari H.J., Ndakidemi P.A., Human I.S., Benade S. The ecology, biology and pathogenesis of Acinetobacter spp.: an overview // Microbes Environ. 2011. V. 26 (2). P. 101–112.
  8. Flint H.J., Bayer E.A., Rincon M.T. et al. Polysaccharide utilization by gut bacteria: potential for new insights from genomic analysis // Nat. Rev. Microbiol. 2008. V. 6 (2). P. 121–131.
  9. Graf J. The family Rikenellaceae // The prokaryotes: other major lineages of bacteria and the archaea / Eds E. Rosenberg et al. Berlin, Heidelberg: Springer, 2014. P. 857–859.
  10. Guo J., Li P., Zhang K. et al. Distinct stage changes in early-life colonization and acquisition of the gut microbiota and its correlations with volatile fatty acids in goat kids // Front. Microbiol. 2020. V. 11. P. 584742.
  11. Ley R.E. Prevotella in the gut: choose carefully // Nat. Rev. Gastroenterol. Hepatol. 2016. V. 13 (2). P. 69–70.
  12. Lohani M., Bhandari D. The importance of goats in the world // Profe. Agric. Work. J. 2021. V. 6 (2). 9.
  13. Lu C.D. The role of goats in the world: society, science, and sustainability // Small Rumin. Res. 2023. V. 227. 107056.
  14. McMurdie P.J., Holmes S. Phyloseq: an R package for reproducible interactive analysis and graphics of microbiome census data // PLoS One. 2013. V. 8 (4). e61217.
  15. Nordhoff M., Taras D., Macha M. et al. Treponema berlinense sp. nov. and Treponema porcinum sp. nov., novel spirochaetes isolated from porcine faeces // Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 2005. V. 55 (4). P. 1675–1680.
  16. Parker B.J., Wearsch P.A., Veloo A.C.M., Rodriguez-Palacios A. The genus Alistipes: gut bacteria with emerging implications to inflammation, cancer, and mental health // Front. Immunol. 2020. V. 11. P. 906.
  17. Quast C., Pruesse E., Yilmaz P. et al. The SILVA ribosomal RNA gene database project: improved data processing and web-based tools // Nucl. Acids Res. 2013. V. 41. P. D590–D596.
  18. Seshadri R., Leahy S.C., Attwood G.T. et al. Cultivation and sequencing of rumen microbiome members from the Hungate1000 Collection // Nat. Biotechnol. 2018. V. 36 (4). P. 359–367.
  19. Wessels A.G. Influence of the gut microbiome on feed intake of farm animals // Microorganisms. 2022. V. 10 (7). 1305.
  20. Wood D.E., Lu J., Langmead B. Improved metagenomic analysis with Kraken 2 // Gen. Biol. 2019. V. 20 (1). 257.
  21. Wu G.D., Chen J., Hoffmann C. et al. Linking long-term dietary patterns with gut microbial enterotypes // Science. 2011. V. 334 (6052). P. 105–108.
  22. Zafar H., Saier M.H.Jr. Gut Bacteroides species in health and disease // Gut Microbes. 2021. V. 13 (1). P. 1–20.
  23. Zhang H., Rehman M.U., Chang Y.-F., Zhaoxin T. Editorial: the potential role of gut microbiome in animal gut-linked diseases // Front. Microbiol. 2023. V. 14. 1179481.

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML
Скачать
2. Рис. 1. График, визуализирующий кластеризацию образцов путем расчета несходства Брея–Кертиса и дальнейшего неметрического многомерного шкалирования. Выделены группы взрослых (красный) и молодых (бирюзовый) животных (а) и группы взрослых животных (б) происхождением из Китая (красный), Египта (зеленый), Индии (бирюзовый) и России (фиолетовый).

Скачать (164KB)
Метаданные
3. Рис. 2. Тепловая карта, визуализирующая дифференциальную представленность таксонов в образцах, сгруппированных по возрасту. Отобраны главные 100 таксонов. FE-D0-Х_bacteria_China.ok – новорожденные животные, FE-D7-Х_bacteria_China.ok – возраст 7 дней, FE-D14-Х_bacteria_China.ok – возраст 14 дней, FE-D21-Х_bacteria_China.ok – возраст 21 день, FE-D28-Х_bacteria_China.ok – возраст 28 дней, FE-D42-Х_bacteria_China.ok – возраст 42 дня, FE-D56-Х_bacteria_China.ok – возраст 56 дней, остальные животные являются половозрелыми.

Скачать (920KB)
Метаданные
4. Рис. 3. Диаграмма относительной представленности родов в каждом образце, полученном от взрослого животного.

Скачать (435KB)
Метаданные

© Российская академия наук, 2025