Отправить статью по E-mail 
Флуоресцентное маркирование GC-богатой ДНК-матрицы различными производными нуклеотидов для гибридизационного анализа на биологическом микрочипе
- Авторы: Баринова И.О.1, Шершов В.Е.1, Варачев В.О.1, Суржиков С.А.1, Гречишникова И.В.1, Заседателева О.А.1, Наседкина Т.В.1, Чудинов А.В.1
-
Учреждения:
- ФГБУН “Институт молекулярной биологии им. В.А. Энгельгардта” РАН
- Выпуск: Том 51, № 3 (2025)
- Страницы: 538-544
- Раздел: ПИСЬМА РЕДАКТОРУ
- URL: https://ruspoj.com/0132-3423/article/view/687056
- DOI: https://doi.org/10.31857/S0132342325030165
- EDN: https://elibrary.ru/KRYKBO
- ID: 687056
Цитировать
Открытый доступ
Доступ предоставлен
Аннотация
Исследована эффективность маркирования GC-богатой области промотора гена TERT в геноме человека пpоизводными 5′-тpифоcфатов 2′-дезокcиуpидина (dU) и 2ʹ-дезоксицитидина (dC), содержащими цианиновые красители Cy5 и Cy7 в качестве флуоресцентной метки. Методом ПЦР в реальном времени оценивали влияние модифицированных нуклеотидов на эффективность ПЦР, также определяли степень включения нуклеотидов в ПЦР-продукт. Эффективность маркирования ДНК-матрицы определяли по интенсивности флуоресцентного сигнала при проведении аллель-специфичной гибридизации на биологическом микрочипе. Наибольший уровень флуоресценции ячеек биочипа наблюдали для производных dU-Cy7 по сравнению с производными dU- и dC-Cy5. В то же время в случае GC-богатой ДНК-матрицы использование производных dC-Cy5 давало принципиально лучший результат по сравнению с производным dU-Cy5. Таким образом, модифицированные аналоги Cy7, способные встраиваться в ДНК при проведении ПЦР, в меньшей степени зависят от GC-состава ДНК-матрицы и выступают более универсальными флуоресцентными метками для диагностических целей. Наиболее перспективным представляется дальнейшее применение модифицированных аналогов Cy7 при разработке тест-систем формата “лаборатория-на-чипе”.
Полный текст
Об авторах
И. О. Баринова
ФГБУН “Институт молекулярной биологии им. В.А. Энгельгардта” РАН
Email: tanased06@rambler.ru
Россия, 119991 Моcква, ул. Вавилова, 32
В. Е. Шершов
ФГБУН “Институт молекулярной биологии им. В.А. Энгельгардта” РАН
Email: tanased06@rambler.ru
Россия, 119991 Моcква, ул. Вавилова, 32
В. О. Варачев
ФГБУН “Институт молекулярной биологии им. В.А. Энгельгардта” РАН
Email: tanased06@rambler.ru
Россия, 119991 Моcква, ул. Вавилова, 32
С. А. Суржиков
ФГБУН “Институт молекулярной биологии им. В.А. Энгельгардта” РАН
Email: tanased06@rambler.ru
Россия, 119991 Моcква, ул. Вавилова, 32
И. В. Гречишникова
ФГБУН “Институт молекулярной биологии им. В.А. Энгельгардта” РАН
Email: tanased06@rambler.ru
Россия, 119991 Моcква, ул. Вавилова, 32
О. А. Заседателева
ФГБУН “Институт молекулярной биологии им. В.А. Энгельгардта” РАН
Email: tanased06@rambler.ru
Россия, 119991 Моcква, ул. Вавилова, 32
Т. В. Наседкина
ФГБУН “Институт молекулярной биологии им. В.А. Энгельгардта” РАН
Автор, ответственный за переписку.
Email: tanased06@rambler.ru
Россия, 119991 Моcква, ул. Вавилова, 32
А. В. Чудинов
ФГБУН “Институт молекулярной биологии им. В.А. Энгельгардта” РАН
Email: tanased06@rambler.ru
Россия, 119991 Моcква, ул. Вавилова, 32
Список литературы
- Stumpf A., Brandstetter T., Hübner J., Rühe J. // PLoS One. 2019. V. 14. P. e0225525. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0225525
- Dullaert-de Boer M., Akkerman O.W., Vermeer M., Hess D.L.J., Kerstjens H.A.M., Anthony R.M., van der Werf T.S., van Soolingen D., van der Zanden A.G.M. // PLoS One. 2018. V. 13. P. e0190847. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0190847
- Ikonnikova A.Y., Filippova M.A., Surzhikov S.A., Pozhitnova V.O., Kazakov R.E., Lisitsa T.S., Belkov S.A., Nasedkina T.V. // Drug Metab. Pers. Ther. 2020. V. 36. P. 33–40. https://doi.org/10.1515/dmpt-2020-0155
- Leevy W.M., Gammon S.T., Johnson J.R., Lampkins A.J., Jiang H., Marquez M., Piwnica-Worms D., Suckow M.A., Smith B.D. // Bioconj. Chem. 2008. V. 19. P. 686–692. https://doi.org/10.1021/bc700376v
- Шершов В.Е., Иконникова А.Ю., Василисков В.А., Лапа С.А., Мифтахов Р.А., Кузнецова В.Е., Чудинов А.В., Наседкина Т.В. // Биофизика. 2020. Т. 65. С. 865–871. https://doi.org/10.31857/S0006302920050038
- Фесенко Д.О., Гусейнов Т.О., Лапа С.А., Кузнецова В.Е., Шершов В.Е., Спицын М.А., Наседкина Т.В., Заседателев А.С., Чудинов А.В. // Мол. биология. 2018. Т. 52. С. 533–542. https://doi.org/10.7868/S0026898418030175
- Иконникова А.Ю., Шершов В.Е., Мороз Ю.В., Василисков В.А., Лапа С.А., Мифтахов Р.А., Кузнецова В.Е., Чудинов А.В., Наседкина Т.В. // Биофизика. 2021. Т. 66. С. 31–39. https://doi.org/10.31857/S000630292101004X
- Bell R.J., Rube H.T., Xavier-Magalhães A., Costa B.M., Mancini A., Song J.S., Costello J.F. // Mol. Cancer Res. 2016. V. 14. P. 315–323. https://doi.org/10.1158/1541-7786.MCR-16-0003
- Фесенко Д.О., Абрамов И.С., Шершов В.Е., Кузнецова В.Е., Суржиков С.А., Гречишникова И.В., Барский В.Е., Чудинов А.В., Наседкина Т.В. // Мол. биология. 2018. Т. 52. С. 997–1005. https://doi.org/10.1134/S0026898418060071
- Lapa S.A., Volkova O.S., Spitsyn M.A., Shershov V.E., Kuznetsova V.E., Guseinov T.O., Zasedatelev A.S., Chudinov A.V. // Russ. J. Bioorg. Chem. 2019. V. 45. P. 263–272. https://doi.org/10.1134/S1068162019040046
- Иконникова А.Ю., Лисица Т.С., Шершов В.Е., Спицын М.А., Гусейнов Т.О., Фесенко Д.О., Лапа С.А., Кузнецова В.Е., Заседателев А.С., Чудинов А.В., Наседкина Т.В. // Биофизика. 2017. Т. 62. С. 1093–1098.
- Boyer A.E., Lipowska M., Zen J.-M., Patonay G. // Anal. Lett. 1992. V. 25. P. 415–428. https://doi.org/10.1080/00032719208016105
- Varachev V.O., Guskov D.A., Shekhtman A.P., Rogozhin D.V., Polyakov S.A., Zacedatelev A.S., Chudinov A.V., Nasedkina T.V. // Russ. J. Bioorg. Chem. 2023. V. 49. P. 1137–1142. https://doi.org/10.1134/S1068162023050205
- Varachev V., Shekhtman A., Guskov D., Rogozhin D., Zasedatelev A., Nasedkina T. // Diagnostics (Basel). 2024. V. 14. P. 200. https://doi.org/10.3390/diagnostics14020200
Дополнительные файлы
