«Онтогенез» был учрежден Академией наук СССР в 1970 году по инициативе выдающегося отечественного биолога, директора Института биологии развития (1967–1974) академика Б.Л. Астаурова.

«Онтогенез» внес огромный вклад в развитие отечественной науки.

Это единственное в России профильное периодическое издание, публикующее статьи по биологии развития, охватывает всю тематику исследований, приводящихся в этой области. Журнал также освещает историю биологии развития и научные события, связанные с этой наукой.

В разные годы Журналом руководили:
1970 – 1974: академик АН СССР, проф. Борис Львович Астауров;
1974 – 2019: доктор биологических наук, проф. Сергей Григорьевич Васецкий;
2019 – ныне: чл.-корр. РАН, доктор биол. наук Андрей Валентинович Васильев.