Структура белка Hfq из Chromobacterium haemolyticum выявила новый вариант регуляции связывания РНК с белком

Обложка

Цитировать

Полный текст

Открытый доступ Открытый доступ
Доступ закрыт Доступ предоставлен
Доступ закрыт Только для подписчиков

Аннотация

Определена структура белка Hfq из бактерии Chromobacterium haemolyticum, формирующая кристаллы в двух различных пространственных группах. В обоих случаях белок имеет характерную четвертичную структуру кольцевого гексамера. Полученная структура показала ранее не описанный вариант взаимодействия С-концевой неструктурированной части Hfq с аминокислотными остатками проксимального РНК-связывающего участка белка. Такой контакт может вносить вклад в регуляцию связывания молекул РНК с белком Hfq.

Об авторах

Н. В. Леконцева

Институт белка РАН

Email: nikulin@vega.protres.ru
Россия, Пущино

А. Д. Никулин

Институт белка РАН

Автор, ответственный за переписку.
Email: nikulin@vega.protres.ru
Россия, Пущино

Список литературы

  1. Jørgensen M.G., Pettersen J.S., Kallipolitis B.H. // Biochim. Biophys. Acta – Gene Regul. Mech. 2020. V. 1863. P. 194504. https://doi.org/10.1016/j.bbagrm.2020.194504
  2. Holmqvist E., Wagner G.H. // Biochem. Soc. Trans. 2017. V. 45. P. 1203. https://doi.org/10.1042/BST20160363
  3. Dutta T., Srivastava S. // Gene. 2018. V. 656. P. 60. https://doi.org/10.1016/j.gene.2018.02.068
  4. Wagner E.G.H., Romby P. // Adv. Genet. 2015. V. 90. P. 133. https://doi.org/10.1016/bs.adgen.2015.05.001
  5. Pecoraro V., Rosina A., Polacek N. // Non-Coding RNA. 2022. V. 8. P. 22. https://doi.org/10.3390/ncrna8020022
  6. Miyakoshi M. et al. // Mol. Microbiol. 2022. V. 117. P. 160. https://doi.org/10.1111/mmi.14814
  7. Antoine L. et al. // Genes (Basel). 2021. V. 12. P. 1125. https://doi.org/10.3390/genes12081125
  8. dos Santos R.F., Arraiano C.M., Andrade J.M. // Curr. Genet. 2019. V. 65. P. 1313. https://doi.org/10.1007/s00294-019-00990-y
  9. Stenum T.S., Holmqvist E. // Mol. Microbiol. 2022. V. 117. P. 4. https://doi.org/10.1111/mmi.14785
  10. Katsuya-Gaviria K. et al. // RNA Biol. 2022. V. 19. P. 419. https://doi.org/10.1080/15476286.2022.2048565
  11. Woodson S.A., Panja S., Santiago-Frangos A. // Microbiol. Spectr. / Ed. Storz G., Papenfort K. 2018. V. 6. https://doi.org/10.1128/microbiolspec.RWR-0026-2018
  12. Updegrove T.B., Zhang A., Storz G. // Curr. Opin. Microbiol. 2016. V. 30. P. 133. https://doi.org/10.1016/j.mib.2016.02.003
  13. Murina V., Lekontseva N., Nikulin A. // Acta Cryst. D. 2013. V. 69. P. 1504. https://doi.org/10.1107/S090744491301010X
  14. Park S. et al. // Elife. 2021. V. 10. P. 1. https://doi.org/10.7554/eLife.64207
  15. Kavita K., de Mets F., Gottesman S. // Curr. Opin. Microbiol. 2018. V. 42. P. 53. https://doi.org/10.1016/j.mib.2017.10.014
  16. Schu D.J. et al. // EMBO J. 2015. V. 34. P. 2557. https://doi.org/10.15252/embj.201591569
  17. Santiago-Frangos A. et al. // Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2019. V. 166. P. 10978. https://doi.org/10.1073/pnas.1814428116
  18. Kavita K. et al. // Nucl. Acids Res. 2022. V. 50. P. 1718. https://doi.org/10.1093/nar/gkac017
  19. Santiago-Frangos A. et al. // Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2016. V. 113. P. E6089. https://doi.org/10.1073/pnas.1613053113
  20. Han X.Y., Han F.S., Segal J. // Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 2008. V. 58. P. 1398. https://doi.org/10.1099/ijs.0.64681-0
  21. Lima-Bittencourt C.I. et al. // BMC Microbiol. 2007. V. 7. P. 58. https://doi.org/10.1186/1471-2180-7-58
  22. Takenaka R. et al. // Jpn. J. Infect. Dis. 2015. V. 68. P. 526. https://doi.org/10.7883/yoken.JJID.2014.285
  23. Okada M. et al. // BMC Infect. Dis. 2013. V. 13. P. 406. https://doi.org/10.1186/1471-2334-13-406
  24. Tanpowpong P., Charoenmuang R., Apiwattanakul N. // Pediatr. Int. 2014. V. 56. P. 615. https://doi.org/10.1111/ped.12301
  25. Teixeira P. et al. // Mol. Genet. Genomics. 2020. V. 295. P. 1001. https://doi.org/10.1007/S00438-020-01676-8
  26. Winn M.D. et al. // Acta Cryst. D. 2011. V. 67. P. 235. https://doi.org/10.1107/S0907444910045749
  27. McCoy A.J. et al. // J. Appl. Cryst. 2007. V. 40. P. 658. https://doi.org/10.1107/S0021889807021206
  28. Afonine P. V et al. // Acta Cryst. D. 2012. V. 68. P. 352. https://doi.org/10.1107/S0907444912001308
  29. Emsley P. et al. // Acta Cryst. D. 2010. V. 66. P. 486. https://doi.org/10.1107/S0907444910007493
  30. Wang W. et al. // Genes Dev. 2011. V. 25. P. 2106. https://doi.org/10.1101/gad.16746011.2004
  31. Santiago-Frangos A., Woodson S.A. // Wiley Interdiscip. Rev. RNA. 2018. V. 9. P. e1475. https://doi.org/10.1002/wrna.1475
  32. Sonnleitner E. et al. // Biochem. Biophys. Res. Commun. 2004. V. 323. P. 1017. https://doi.org/10.1016/j.bbrc.2004.08.190
  33. Vecerek B. et al. // Nucl. Acids Res. 2008. V. 36. P. 133. https://doi.org/10.1093/nar/gkm985
  34. Panja S. et al. // J. Mol. Biol. 2015. V. 427. P. 3491. https://doi.org/10.1016/j.jmb.2015.07.010

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML
Скачать
2.

Скачать (842KB)
Метаданные
3.

Скачать (971KB)
Метаданные
4.

Скачать (1005KB)
Метаданные

© Российская академия наук, 2023